@rabirgoです。
唐突ですが Alfred 3 を使っていて、ずっと前から悩んでたことが以下の投稿により解決したようです。ありがとうございます。
Alfred 使用時の問題点
ショートカット Command + space で Alfred を起動してアプリ名を入力しようとすると、英数字にならない問題です。例えば vivaldi と打ちたくても以下のように全角のvが入力されてしまってました。

これが毎回ではなく、一旦 Esc キーでこのウィンドウをキャンセルして Command + space すると問題なく英数字になる、という必ずしもは再現しない厄介な問題でした。
Force Keyboard は「Romaji」で運用してた
基本はこれでいいと思うんですが。

キーバインドの設定を行なったが解決しなかった
まず入力ソースの変更を行いましたが解決せず。よく見ると Alfred 起動の Command + Space と同じではない(競合してない)ので意味はなかったかなと思います。

Focusingを「Compatibility Mode」に変更して解決
ちょっと分かりづらいところにありますが、Focusing を変更すると解決した模様です。(設定変更後、2日間 症状出てません)
互換性モード、ということみたいです。

何の互換性なのか、Help 読んでみましたが技術的なことのようでよく分かりませんでした。
Focusing
In Alfred 2.8+, the way Alfred appears has changed, using a non-activating panel and operating much like Spotlight’s window when in the Standard (default) mode.
When using the Compatibility mode, Alfred operates like an application and takes focus when shown, which is useful if using Alfred alongside keyboard remappers or Java applications.
Google 翻訳
フォーカシング
Alfred 2.8以降では、標準(デフォルト)モードのときに非アクティブパネルを使用し、Spotlightのウィンドウとほぼ同じように動作するAlfredの表示方法が変更されました。
互換モードを使用している場合、Alfredはアプリケーションのように動作し、表示されているときにフォーカスを合わせます。これは、AlfredをキーボードリマッパーまたはJavaアプリケーションと併用する場合に便利です。
keyboard remappers 、Karabiner 使ってるからでしょうか。(US キーボードでスペースキーの左右の Command ボタンを かな/英数 とマッピングするように使ってます)
これでストレスなく Command + Space が使える
毎回ではないので効率としてはさほど落ちるようなことはなかったのですが、入力した文字をバックスペースで消して左 Command キーを押して入力し直すのがめんどうだったので解決してよかったです。
同じ事象で気になっている方は確認してみましょう。